杀菌灭藻剂在水产养殖、工业冷却水以及油田用水等方面，操控水体中菌藻的生长，已经成为越来越重要的疑问。在水产养殖中，细菌及真菌过度繁殖会致使各种鱼类病害的发作，尤其是藻类的过度繁殖会显着降低水中含氧量，使鱼类大批因缺氧而去世。在工业水处理中，菌藻的过度繁殖会降低传热功率，使设备加快腐蚀杀菌灭藻剂。
由此可见，有必要经过人为的手法操控各种水体中的菌藻含量，因而产生了林林总总的水处理用杀菌剂。
杀菌灭藻剂药理效果：
杀菌灭藻剂在水中水解为具有强氧化性的异氰尿酸和次氯酸，将微生体内的酶氧化，具有极强的穿透性。异氰尿酸进一步分解为二氧化碳和氨；杀菌灭藻剂次氯酸和溴离子反应生成关键活性的次溴酸和次溴酸根离子，该离子具有安稳次氯酸，增大PH值运用规划，去掉和避免生物黏泥的效果的杀灭效果；杀菌灭藻剂运用无须设备，直接投加，避免了二氧化氯投加有必要活化的费事，又减少了运用异噻唑啉酮及氯气时的危险性杀菌灭藻剂。